# lncRNA
核心思想：lncRNA 的研究思路其实跟原来做蛋白是一样的，蛋白能干的事、能介导的功能、能产生的分子机制， lncRNA 一样都能参与其中。
# 调控类型
- 转录环节的调控
- DNA 甲基化
- 招募蛋白
- 抑制蛋白
- 不依赖蛋白的转录抑制
- 抑制转录复合物和 RNA 酶
- 染色质的修饰
- 转录后的调控
- 通过结合
mRNA影响可变剪切 - 影响
mRNA的出核转运 - 调控
mRNA的稳定性 - 结合特定蛋白靶向
mRNA
- 通过结合
- 翻译后的调控
- 各种翻译后修饰
- 调节蛋白的细胞定位
# 四种模型
- Signal
- lncRNA 特有的跟蛋白不一样的作用形式
- 顺式调控（
cis-regulation）：antisense lncRNA，eRNA（enhancer RNA） - 结合 DNA，二元
- Decoy
- 与 DNA 序列竞争转录因子
- 属于 ceRNA 一种
- 结合蛋白，三元
- Guide
- RNA - 蛋白 - DNA 三元机制
- 反式调控（
trans-regulation）：> 100 万对碱基距离之外的调控 - 结合蛋白、DNA，三元
- Scaffod
- 充当蛋白复合体的骨架，连接多个蛋白
- 不竞争蛋白、不结合 DNA
- 结合蛋白，多组二元
# 两种交互情况
- 已知 lncRNA 找互作蛋白
- RNA pulldown
- 用一条打上 biotin 的 RNA 互补探针捕获目标
- Streptavidin 的 beads 结合 biotin（
bait） - 筛选：亲和层析 → 溶液洗脱 → 质谱鉴定
- 验证：WB 测蛋白
- RNA pulldown
- 已知蛋白找互作 lncRNA
- RIP
- ProteinA 的 beads 偶联抗体来结合蛋白
- 筛选：拉下的复合物进行 RNA 测序 → 找 lncRNA
- 验证：qPCR 测 RNA
- 蛋白芯片
- 预制有大概 2 万种人全长蛋白质
- lncRNA 合成、纯化、标记 → 孵育杂交 → 检测荧光
- RIP
- 验证彼此结合：凝胶迁移实验 EMSA
# 直接作用机制研究
- 亚细胞定位 → 核内
- 附近基因有无表达影响？ → Signal → 找顺式调控作用
- 无位置限制 → 找反式调节作用 → Guide or Decoy
- 染色质修饰？ → 根据 RNA pulldown 筛到的蛋白来展开
- 亚细胞定位 → 包浆
- 结合 RNA → 做 ceRNA 机制
- 结合蛋白或调控 mRNA 翻译 → Scaffold，Guide & Decoy
