# lncRNA

核心思想:lncRNA 的研究思路其实跟原来做蛋白是一样的,蛋白能干的事、能介导的功能、能产生的分子机制, lncRNA 一样都能参与其中。


# 调控类型

  • 转录环节的调控
    • DNA 甲基化
    • 招募蛋白
    • 抑制蛋白
    • 不依赖蛋白的转录抑制
    • 抑制转录复合物和 RNA 酶
    • 染色质的修饰
  • 转录后的调控
    • 通过结合 mRNA 影响可变剪切
    • 影响 mRNA 的出核转运
    • 调控 mRNA 的稳定性
    • 结合特定蛋白靶向 mRNA
  • 翻译后的调控
    • 各种翻译后修饰
    • 调节蛋白的细胞定位

# 四种模型

  1. Signal
    • lncRNA 特有的跟蛋白不一样的作用形式
    • 顺式调控( cis-regulation ): antisense lncRNAeRNAenhancer RNA
    • 结合 DNA,二元
  2. Decoy
    • 与 DNA 序列竞争转录因子
    • 属于 ceRNA 一种
    • 结合蛋白,三元
  3. Guide
    • RNA - 蛋白 - DNA 三元机制
    • 反式调控( trans-regulation ):> 100 万对碱基距离之外的调控
    • 结合蛋白、DNA,三元
  4. Scaffod
    • 充当蛋白复合体的骨架,连接多个蛋白
    • 竞争蛋白、不结合 DNA
    • 结合蛋白,多组二元

# 两种交互情况

  • 已知 lncRNA 找互作蛋白
    • RNA pulldown
      • 用一条打上 biotin 的 RNA 互补探针捕获目标
      • Streptavidin 的 beads 结合 biotin( bait
      • 筛选:亲和层析 → 溶液洗脱 → 质谱鉴定
      • 验证:WB 测蛋白
  • 已知蛋白找互作 lncRNA
    • RIP
      • ProteinA 的 beads 偶联抗体来结合蛋白
      • 筛选:拉下的复合物进行 RNA 测序 → 找 lncRNA
      • 验证:qPCR 测 RNA
    • 蛋白芯片
      • 预制有大概 2 万种人全长蛋白质
      • lncRNA 合成、纯化、标记 → 孵育杂交 → 检测荧光
  • 验证彼此结合:凝胶迁移实验 EMSA

# 直接作用机制研究

  • 亚细胞定位 → 核内
    • 附近基因有无表达影响? → Signal → 找顺式调控作用
    • 无位置限制 → 找反式调节作用 → Guide or Decoy
    • 染色质修饰? → 根据 RNA pulldown 筛到的蛋白来展开
  • 亚细胞定位 → 包浆
    • 结合 RNA → 做 ceRNA 机制
    • 结合蛋白或调控 mRNA 翻译 → ScaffoldGuide & Decoy