三元一组机制的通用思维导图


  • 实验流程
    • 准备阶段 1-2 月
      • 动物、细胞、抗体、病毒、实验耗材的购买准备
      • 相关实验方法的学习
    • 2.2 单变量论证 5-6 月
      • 【主变量】MDM4 促进 CRC 增殖、抑制 CRC 的铁死亡
      • 2.2.2 表达差异论证 - 组织水平
        • 收集临床样本
        • 免疫组化、PCR、WB
        • 数据库数据收集
      • 2.2.3 临床相关性
        • 基线表
        • 单因素、多因素表
        • 生存曲线图
      • 2.2.4 表达差异验证 - 细胞水平
        • 多个细胞系培养
        • PCR、WB 检测
      • 2.2.5 主变量调节表型 - 细胞实验
        • 正反操作
        • 表型检测
      • 2.2.6 主变量调节表型 - 动物实验
    • 2.3 二元变量论证:主变量与交互变量 7-8 月
      • 【主变量】MDM4 与【交互变量】B 结合
      • 2.3.1 交互变量筛选
        • 质谱筛选交互变量
      • 2.3.2 交互变量的二次筛选
        • 若明确报道分子 B 调控铁死亡,跳过此步
      • 2.3.3 共定位筛选交互变量
        • 选做
      • 2.3.4 交互作用验证
        • 使用 CoIP 和 GST pulldown 两个不同手段
      • 2.3.5 主变量与交互变量的调控作用
        • 操作主变量,WB 检测 B 蛋白量变化
      • 2.3.6 调控必要性的论证
        • 如果主变量与交互变量之间存在调节关系,则必须完成调控必要性论证
      • 2.3.7 结构必要性论证
        • 外包完成
      • 动物实验:依据细胞实验结果补充
    • 2.4 二元变量论证:主变量与效应变量 2-3 月
      • 【主变量】MDM4 调控结肠癌的铁死亡,依赖于【效应变量】C
      • 2.4.1 效应变量的筛选
        • 文献调研
        • 尝试铁死亡明星分子
        • 通路芯片
      • 2.4.2 效应变量验证
      • 2.4.3 回复实验
      • 动物实验:待补充
    • 三元一组交互必要性论证 2-3 月
      • 【主变量】A 调节【效应变量】C 以及对细胞表型的影响,依赖于与【效应变量】B 的结合
      • 2.5.1 必要性论证(减配)
        • 过表达【主变量】MDM4,同时沉默【交互变量】B,检测【效应变量】C 和细胞表型的改变
        • 动物实验:待补充
      • 2.5.2 必要性论证(标配)
        • 细胞实验:分别过表达结合位点缺失的 A,比较 A 与 B 的结合,以及【效应变量】C 和细胞表型的缺失
        • 动物实验:待补充